日军在战争初期所获的胜利超出了他们最乐观的估计。受此鼓舞，1942年春，日军大本营筹划采取进一步军事行动，以扩大山本五十六大将原来设想的防御圈。日军策划在中国和东印度发动战役，计划入侵阿留申群岛，甚至打算进攻澳大利亚，占领夏威夷群岛。其中几个新的冒险行动奏效了，6月，日军占领了阿留申群岛中的阿图岛和吉斯卡岛，但是日军很快发现，他们的兵力太分散。1942年4月18日，美国航空母舰“大黄蜂”号潜入距日本海岸不到960公里处，詹姆斯·H 杜立特中将率领16架B-25轰炸机空袭了东京、名古屋、大阪和神户。虽然杜立特的轰炸机给日本人造成的难堪多于实际损害，但是两个月后的6月初，在山本五十六大将驶向他一直觊觎的中途岛，以便把它作为发动对夏威夷的军事行动的基地时，一支未曾预料到的美国特遣部队的猛烈袭击使他损失了四艘不可替代的航空母舰。随后，1942年夏，美国舰队在瓜达尔卡纳尔岛登陆。新年之夜，在经过几个月艰苦的丛林作战之后，日本人决定从岛上撤退。日本海陆军发现，他们已经转入守势，这比他们所想的要快得多。比他们可能想象到的更可怕的是，战争的残酷很快就要落到日本人民身上。
到1943年初，日本在珍珠港事件前的设想显然已经偏离期望，英国没有落入德国之手，事实证明美国人意志并不薄弱，也不像希望的那样倾向于谈判。更重要的是，美国的工业没有因其资本主义的伦理道德而失去生机，它以令人吃惊的敏捷对打一场世界大战的挑战作出了回应。在1940年至1942年之间，美国的国民生产总值增长了1/3多，政府军费开支从占国民生产总值的17%飙升至30.5%。虽然日本的经济在战争的头几年表现还不错，但是，这个岛国陷入了一场与一个生产力远远超过它的经济巨人的力量不均衡的战争。石原莞尔关于“中国是个泥潭”的预言说到了点子上，他所认为的美国在生产上拥有超过日本的能力也是正确无误的。甚至在第一个全年进行太平洋战争的1942年，美国与战争有关的制造业就超过了日本。到1945年，美国兵工厂生产的武器是日本的10倍。在兵力上日本也是望尘莫及，美国人将一队队飞机、航空母舰、战舰和潜艇派往太平洋。
1943年，麦克阿瑟发动了对所罗门—俾斯麦群岛和新几内亚岛海岸的进攻，而切斯特·尼米兹海军上将则利用正在聚集的美国兵力保护中太平洋的安全，采取隔岛“蛙跳”战术，绕过日军重兵把守的岛屿，袭击比较容易攻击的基地，使美国空军越来越接近关系日本本土诸岛和东南亚的生死攸关的航路。1943年，日本帝国海陆军的日子实在不好过，从瓜达尔卡纳尔岛撤退时，陆军损失了一万多人。4月18日，美国飞行员在所罗门群岛伏击了山本五十六的座机并使其毙命。5月，在美军的反击之下，日本丢失了阿留申群岛。11月，日本在中太平洋最重要的据点塔拉瓦陷落。12月27日，东条英机对议会说：“真正的战争现在开始了。”
1944年，美国加紧反攻，日本的内部防线陷于崩溃。初夏，日军失守塞班岛，海军的430架飞机损失了405架，空中力量遭受重创。这场惨败结束了东条英机的首相生涯。一段时间以来，在日本核心集团内部，对东条英机作为首相和战争领袖的表现的批评一直在增多。1943年，前首相冈田启介在给宫廷显贵的消息中明确警告，要催逼东条英机下台。对首相来说够难堪的是，1944年3月25日，在首相官邸举行的招待会上，反对东条英机的情绪爆发了，众议院议长高声要求东条英机为日本军队走下坡的命运“承担责任”并且“辞职”。某些人在日记里写道，鼓掌声在整个房间同时响起。7月17日，正好塞班岛失守的10天后，一些老牌政治家开会，拒绝投信任票给这把“剃刀”。第二天，东条英机便辞去首相职位下台了。
在老牌政治家的推荐下，天皇任命小矶国昭大将接替东条英机。(参阅表14.4)但是，这个自1942年出任朝鲜总督的老兵，并不比东条英机有更多的成就。塞班岛失守后，海军军令部长预言“地狱即将袭击我们”。同年秋天，尼米兹和麦克阿瑟在菲律宾群岛会师。在10月份的莱特湾战役中，日本海军在武器和战术上都逊于美军，损失了6艘航空母舰。帝国海军的舰队被彻底摧毁，曾经骄傲的海军不再是太平洋战争的重要因素。麦克阿瑟实现了自己“回来”的誓言，1945年初派部队登陆并攻占了马尼拉。美军在菲律宾的胜利，实际上切断了日本和东南亚的联系，使西南太平洋成为战略上的死水。现在，美国人开始直取日本，1945年3月占领硫黄岛，1945年4月1日进攻冲绳岛。
菲律宾群岛的丢失，预示着日本经济毁灭性的结果。莱特湾战役后，殖民地和被占领地区的丰富资源外流的通道几乎完全关闭。1942年，油轮曾把东南亚40%的石油运往日本港口，1944年这个数字跌到5%，1945年则为零。1941年日本进口了510万吨铁矿石，1944年只有170万吨，1945年第一季度只有14 4万吨运抵日本工厂。没有了重要资源，制造业的产量下滑。表14 2说明，战争最后一年，钢铁、机械和化工部门产量急剧下降，由此造成的武器产量的下降(参阅表14.5)使日本军方茫然失措。这些数字转化为战场上难以克服的劣势。战争期间，空军成了决定性的毁灭性武器。1943年1月，日本能把3200架做好战斗准备的飞机投到空中，与美国的3537架飞机作战，而到1945年1月，这两个数字变成了4100∶21908。
美国的攻势令日本军方骚乱不安，他们的资源已经衰竭，于是开始铤而走险，牺牲大批士兵、水兵和飞行员的生命，企图以英勇无畏但是最终成为悲剧的方式延缓敌人的推进，或者想以如此骇人的生命代价迫使敌人坐到谈判桌边。从1943年的阿图岛战役开始，日本士兵便拒绝投降，而是选择战斗到最后一人，军队的条令禁止士兵“忍受沦为俘虏的耻辱”。在塔拉瓦，舰队的战斗口令就是“不做俘虏”，即使有人做了俘虏，他们也希望自己被杀。这种选择并非没有理由，查尔斯·林白，驻新几内亚岛美军的平民观察家，在他的日记里写道，1944年6月26日，在数千名被抓的日本士兵中，只有几百人幸存，其他人都遭遇了“一场事故”。除了为了报效祖国和不想在监禁中死去的自然本能，日本军方的领导阶层还依靠要求士兵牺牲的策略。在中太平洋，军队司令官放弃海滩，把它们让给美军，然后在山区和丛林的据点整顿军队。日本士兵挖掘洞穴和地下掩体，一直战斗到死。生命的代价对于双方都是高昂的。在阿图岛，日军的死亡人数总计达2600人，只有28人被俘。在塔拉瓦，4600名保卫者丧生，只有100人投降。在1944年和1945年的菲律宾战役中，30多万日本人战死。在冲绳岛，实际上整个日本驻军的11万士兵全部死亡，而美军17.2万人的进攻部队中也有大约5万人伤亡。
1944年秋，“神风特攻队”飞行员的出现开始把牺牲式自杀崇奉为国家的策略。当年10月，大西泷治郎中将，一位军需省的高级官员，抵达菲律宾群岛协调对付美军进攻的准备工作。大西泷治郎清醒地知道，在飞机的制造上日本处于毫无希望的劣势，他请求麾下的飞行员志愿驾驶负载着炸弹的零式战斗机直接冲向美国战舰。10月25日，24名飞行员身负第一次自杀任务起飞了。他们取得了难以置信的成功，击沉了一艘美国护航舰，还损坏了其他几艘。受到这些成果的鼓舞，大西泷治郎急忙招募更多的飞行中队，陆军的飞行部队也跟着照做。官员们把新的部队单位命名为“神风特攻队”，“神风”意指传说中1274年和1281年日本的神灵为了赶走入侵的蒙古船队而刮起的飓风。
由于海军的削弱和空军的衰败，日本人将“神风特攻队”自杀式攻击作为战争最后一年主要的自卫手段。对于遭受严重物资短缺的军队来说，自杀性的飞行中队代表了奇迹即将来临的机会，在给敌人沉重一击的大胆尝试中，他们希望动员日本最后的剩余资源和青年的战斗精神。那些自愿成为特攻队者的勇敢，闪耀着不可否认的光辉，但是他们的牺牲对于延缓美军推进几乎无济于事。到战争结束时，近5000名青年死于自杀性任务，但是他们只摧毁了几艘战舰。具有讽刺意味的是，他们最令人瞩目的胜利只出现在作战的第一天，而1944年12月菲律宾海面上真正的台风对美国舰队造成的损害，甚至比“神风特攻队”最猛烈的攻击还要大。
到1945年，年轻的特攻队员们感觉到，他们即将面对的死亡不会对战争结局有多大改变，其中一些人从幻梦中觉醒，在冲向死亡时对着无线电大声咒骂他们的部队指挥官和国家的政治领导人。然而，大多数人给家里寄送的遗诗和遗书，仍然表达着对家庭、天皇和国家的坚定信仰。这些价值观在黑暗战争的最后一年也支撑着他们的许多同胞。就在出发作最后一次飞行之前，一位年轻飞行员写信给他的父亲说：“日本人的生活实在美好，我为此骄傲。日本历史和神话反映了我们祖先的纯洁和他们的信仰，我心向往之。这种生活是祖先传给我们的所有最美好事物的集中体现。来自过去的一切美妙事物在现实中的化身就是皇室，它也是日本及其人民的灿烂美好的结晶。能为保卫这些美好崇高的事物献出我的生命，是一种无上的光荣。”
另一位年轻人这样写道：“在目前艰苦的战斗中，我们应该高兴地报效国家。我们应该怀着这样的信念冲向敌舰，即日本一直是，将来也是一个只允许快乐的家庭、勇敢的妇女和美好的友谊存在的地方。”